Bonifacio (anciennement nommée Calcosalto) se situe à l'extrême sud de la Corse, c'est la commune française la plus méridionale de la France métropolitaine. Au sud les Bouches de Bonifacio séparent la Corse de la Sardaigne italienne.
La ville comporte un port et une citadelle. Celle-ci est établie sur un cap dominant la mer par une falaise qui est une « veine » de calcaire, roche assez rare en Corse dont le sol est plutôt granitique.